净工作台只能保护在工作台内操作的试剂等不受污染，并不保护工作人员，而生物安全柜是负压系统，能有效保护工作人员。
 

根据生物安全防护水平的差异，生物安全柜可分为、二级和三级三种类型。

生物安全柜可保护工作人员和环境而不保护样品。其气流原理和实验室通风橱基本相同，不同之处在于排气口安装有HEPA 过滤器，将外排气流过滤进而防止微生物气溶胶扩散造成污染。生物安全柜本身无风机，依赖外接通风管中的风机带动气流，由于不能保护柜内产品，目前已较少使用。
 

二级生物安全柜是目前应用为广泛的柜型。按照《中华人民共和国医药行业标准YY0569-2005生物安全柜》中的规定，二级生物安全柜依照入口气流风速、排气方式和循环方式可分为4 个：A1 型，A2 型，B1 型和B2 型。所有的二级生物安全柜都可工作人员、环境和产品的保护。
 

二级B型生物安全柜均为连接排气系统的安全柜。连接安全柜排气导管的风机连接紧急供应电源，目的在断电下仍可保持安全柜负压，以免危险气体泄漏出实验室。其前窗气流速度小量或测量平均值应至少为0.5m/s(100fpm)。
 

三级生物安全柜是为生物安全防护等级为4级实验室而设计的，柜体气密，工作人员通过连接在柜体的手套进行操作，俗称手套箱(Golve box)，试验品通过双门的传递箱进出安全柜以确保不受污染，适用于高风险的生物试验，如进行SARS、埃博拉病毒相关实验等。